Kontrola podatkowa - jak przebiega i jak się przygotować?

2024-08-02 Aktualizacja: 2026-02-27

Kontrola podatkowa to proces, podczas którego organy skarbowe sprawdzają prawidłowość rozliczeń podatkowych przedsiębiorców oraz osób fizycznych. Ma na celu weryfikację, czy podatnicy prawidłowo wywiązują się z obowiązków podatkowych i przestrzegają obowiązujących przepisów. Jak przygotować się do kontroli podatkowej?

Spis treści:

• Czym jest kontrola podatkowa?
• Kontrola podatkowa – jak wygląda procedura zawiadomienia?
• Kiedy kontrola podatkowa nie musi być zapowiedziana?
• Kontrola podatkowa „na legitymację” (niezwłoczna)
• Kontrola podatkowa – jak się przygotować
• E-kontrola podatkowa
• Jak uprzedzić pracowników o kontroli?
• Co w przypadku nieobecności przedsiębiorcy podczas kontroli?
• Jakie są obowiązki przedsiębiorcy w czasie kontroli?
• Kontrola podatkowa - prawa przedsiębiorcy
• Ile czasu trwa kontrola podatkowa?
• Jak wygląda kontrola skarbowa?
• Jak kończy się kontrola podatkowa?
• Podsumowanie
• FAQ - Najczęściej zadawane pytania

Należy pamiętać, że organ podatkowy zawiadamia kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, a sama kontrola wszczynana jest nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia. Ustawodawca przewiduje jednak liczne wyjątki od obowiązku zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli.

Czym jest kontrola podatkowa?

Kontrola podatkowa jest instytucją prawną przewidzianą i szczegółowo określoną w przepisach Ordynacji podatkowej (art. 281-292). Organy podatkowe pierwszej instancji, w tym głównie urzędy skarbowe, mają na podstawie tych przepisów prawo do przeprowadzania kontroli podatkowej u podatników, płatników, inkasentów oraz ich następców prawnych. Głównym celem kontroli podatkowej jest weryfikacja, czy kontrolowane podmioty prawidłowo wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.

Wszczęcie kontroli podatkowej rozpoczyna się od doręczenia kontrolowanemu imiennego upoważnienia do przeprowadzenia kontroli oraz okazanie legitymacji służbowej przez upoważnionych pracowników organu podatkowego.

Kontrola podatkowa – jak wygląda procedura zawiadomienia?

Zasadniczo kontrola podatkowa powinna być zapowiedziana. Zgodnie z art. 282b Ordynacji podatkowej, organy podatkowe muszą poinformować podatnika o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. Kontrola może rozpocząć się nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Jeśli kontrola nie zostanie wszczęta w ciągu tych 30 dni, konieczne jest ponowne zawiadomienie. Wszczęcie kontroli przed upływem 7 dni wymaga zgody podatnika.

Zawiadomienie o kontroli podatkowej – co powinno zawierać?

Zawiadomienie o zamiarze przeprowadzenia kontroli podatkowej musi zawierać:

1. oznaczenie organu;

2. datę i miejsce wystawienia;

3. oznaczenie kontrolowanego;

4. wskazanie zakresu kontroli;

5. wstępną listę dokumentów i informacji związanych z zakresem przedmiotowym kontroli, których udostępnienia oczekuje organ podatkowy w trakcie kontroli;

6. w przypadku kontroli planowej – informację o kategorii ryzyka, o której mowa w art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców;

7. pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji;

8. podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia.

Aktualny wzór zawiadomienia określa rozporządzenie Ministra Finansów i Gospodarki z dnia 7 grudnia 2025 r. w sprawie wzoru zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej (Dz. U. z 2025 r. poz. 1748).

Kiedy kontrola podatkowa nie musi być zapowiedziana?

W niektórych sytuacjach kontrola może być przeprowadzona bez wcześniejszego zawiadomienia, zgodnie z art. 282c Ordynacji podatkowej. Dotyczy to m.in. przypadków:

• kontroli zasadności zwrotu VAT,

• kontroli na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze,

• kontroli dotyczącej opodatkowania przychodów z nieujawnionych źródeł,

• kontroli niezgłoszonej działalności gospodarczej,

• kontroli na podstawie przepisów o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy,

• kontroli „na legitymację” (niezwłocznej),

• doraźnych kontroli dotyczących kas rejestrujących,

• kontroli podatku od wydobycia niektórych kopalin,

• kontroli zawieszenia działalności gospodarczej,

• kontroli zwrotu podatku dochodowego od osób fizycznych i prawnych.

A także w przypadku, gdy organ podatkowy posiada informacje, z których wynika, że kontrolowany:

• został prawomocnie skazany w Rzeczypospolitej Polskiej za popełnienie przestępstwa skarbowego, przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu, przestępstwa z ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2023 r. poz. 120, 295 i 1598) lub wykroczenia polegającego na utrudnianiu kontroli; w przypadku osoby prawnej ten warunek odnosi się do każdego członka zarządu lub osoby zarządzającej, a w przypadku spółek niemających osobowości prawnej - do każdego wspólnika,

• jest zobowiązanym w postępowaniu egzekucyjnym w administracji,

• nie ma miejsca zamieszkania lub adresu siedziby albo doręczanie pism na podane adresy było bezskuteczne lub utrudnione.

Po wszczęciu niezapowiedzianej kontroli podatkowej, kontrolujący ma obowiązek poinformować kontrolowanego o przyczynie braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia tej kontroli.

Kontrola podatkowa „na legitymację” (niezwłoczna)

Zgodnie z art. 284a Ordynacji podatkowej, kontrola podatkowa może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej kontrolowanemu, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, a także w celu zabezpieczenia dowodów ich popełnienia. W razie nieobecności kontrolowanego (lub jego reprezentanta czy pełnomocnika), kontrola może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej pracownikowi kontrolowanego (który może być uznany za osobę czynną w lokalu przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 97 Kodeksu cywilnego) lub w obecności przywołanego świadka, którym powinien być funkcjonariusz publiczny, niebędący pracownikiem organu przeprowadzającego kontrolę.Upoważnienie do przeprowadzenia kontroli należy doręczyć kontrolowanemu bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 dni od dnia wszczęcia kontroli. Dokumenty z czynności kontrolnych dokonanych z naruszeniem tego obowiązku nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym.

Kontrola podatkowa – jak się przygotować

Zawiadomienie o planowanej kontroli podatkowej powinno zawierać informacje o zakresie i rodzaju podatków, które będą sprawdzane. Właściciel firmy powinien wykorzystać ten czas na kompletowanie i weryfikację dokumentacji z odpowiednich obszarów. Przed audytem ze strony organów skarbowych jest to również okazja do poprawienia ewentualnych błędów znalezionych podczas przygotowań.

Przed rozpoczęciem kontroli podatkowej przedsiębiorca może skorygować faktury kosztowe i zakupowe, nieprawidłowe zapisy w KPiR czy deklaracje podatkowe. Deklaracje te można poprawić, składając deklarację korygującą wraz z uzasadnieniem dokonanych zmian. Podatnik powinien również pamiętać o uiszczeniu ewentualnych zaległości podatkowych, łącznie z odsetkami za zwłokę.

Jeśli firma prowadzi działalność z zagranicznymi partnerami, dokumentacja w języku obcym może wymagać przetłumaczenia na polski podczas kontroli podatkowej. Organy kontrolne mogą tego zażądać i robią to często. Ważne jest, aby tłumaczenie zostało wykonane przez biegłego, ponieważ tylko wtedy urząd skarbowy je zaakceptuje. Koszty tłumaczenia ponosi podatnik.

E-kontrola podatkowa

Firmy korzystające z elektronicznego systemu finansowo-księgowego mogą być poddane e-kontroli podatkowej, polegającej na pobraniu danych bezpośrednio z systemu. Następnie dane te są analizowane za pomocą specjalistycznych aplikacji informatycznych. Księgi oraz dowody księgowe przekazywane są w postaci elektronicznej odpowiadającej ściśle określonej strukturze logicznej (w formacie XML udostępnianym przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych).

Ważne: Kontrolującym należy udostępniać wyłącznie akta, księgi i wszelkiego rodzaju dokumenty ściśle związane z przedmiotem kontroli. Kontrolowany ma prawo odmówić wydania dokumentacji wykraczającej poza zakres przedmiotowy wskazany w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli. W przypadku wątpliwości co do zasadności żądania konkretnych dokumentów, warto poprosić kontrolerów o wyjaśnienie ich związku z prowadzoną kontrolą.

Jak uprzedzić pracowników o kontroli?

Kiedy przedsiębiorca zostanie poinformowany o planowanej kontroli podatkowej, powinien powiadomić wszystkich pracowników odpowiedzialnych za kwestie finansowo-księgowe. Ważne jest, aby pamiętać, że kontrolerzy nie tylko przeglądają dokumentację, ale mogą również zadawać pytania dotyczące badanego obszaru i wymagać wyjaśnień.

Zgodnie z art. 287 § 4 Ordynacji podatkowej, obowiązek udzielania wyjaśnień w ramach kontroli podatkowej - w zakresie swoich działań i obowiązków - mają:

- osoby upoważnione do reprezentacji kontrolowanego lub prowadzące jego sprawy,

- pracownicy,

- osoby współpracujące z kontrolowanym.

Wyjaśnienia udzielane kontrolującym powinny być rzeczowe i zgodne z prawdą (warto pamiętać, że tryb żądania wyjaśnień z art. 287 § 4 jest odrębną czynnością od formalnego przesłuchania świadka lub strony). Wbrew potocznym opiniom, w interesie kontrolowanego leży aktywne dowodzenie poprawności swoich rozliczeń. Choć zasada prawdy obiektywnej nakłada na organ obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia materiału dowodowego, to w przypadku wywodzenia przez kontrolowanego korzystnych dla niego skutków prawnych (np. prawo do odliczenia podatku naliczonego, zaliczenie wydatku do kosztów uzyskania przychodów), musi on przedstawić solidne dowody na poprawność dokonanych transakcji i rozliczeń.

Co w przypadku nieobecności przedsiębiorcy podczas kontroli?

Zdarza się, że choroba lub ważne spotkanie biznesowe uniemożliwiają przedsiębiorcy uczestnictwo w kontroli skarbowej. W takim przypadku można wyznaczyć osobę fizyczną upoważnioną do reprezentowania podatnika podczas kontroli. Należy to zrobić pisemnie i zgłosić odpowiedniemu naczelnikowi urzędu skarbowego w zakresie opodatkowania PIT i CIT, a także wójtowi, burmistrzowi lub prezydentowi miasta.

Reprezentant, o ile nie określono inaczej w upoważnieniu, jest standardowo uprawniony do:

- odbioru zawiadomienia o planowanej kontroli skarbowej,

- wyrażenia zgody na rozpoczęcie kontroli przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia,

- odbioru upoważnienia do przeprowadzenia kontroli skarbowej,

- zakończenia kontroli skarbowej,

- składania wyjaśnień i zastrzeżeń do protokołu kontroli oraz wszystkich czynności kontrolnych.

Pełnomocnik ma prawo działać w imieniu i na rzecz przedsiębiorcy, a pełnomocnictwo może być udzielone pisemnie lub ustnie. Oryginał pisemnego pełnomocnictwa (lub jego odpowiednio poświadczony odpis) należy przedłożyć do dokumentacji kontroli skarbowej, natomiast ustne pełnomocnictwo powinno zostać zgłoszone do protokołu.

Jakie są obowiązki przedsiębiorcy w czasie kontroli?

Podczas kontroli skarbowej przedsiębiorca ma obowiązek:

• zapewnić wstęp na grunt oraz do budynków, lokali i innych pomieszczeń,

• udostępnić akta, księgi i inne dokumenty związane z przedmiotem kontroli,

• wydać na czas trwania kontroli akta, księgi i dokumenty (gdy kontrolujący mają uzasadnione podejrzenia, że są one nierzetelne, lub gdy podatnik nie zapewnia kontrolującym warunków umożliwiających wykonywanie czynności kontrolnych związanych z badaniem dokumentacji),

• okazać majątek podlegający kontroli i umożliwić jego oględziny,

• sporządzić na żądanie kontrolujących spis z natury,

• umożliwić - nieodpłatnie - filmowanie, fotografowanie, dokonywanie nagrań dźwiękowych oraz utrwalanie stanu faktycznego za pomocą innych nośników informacji, jeżeli film, fotografia, nagranie lub informacja zapisana na innym nośniku może stanowić dowód lub przyczynić się do utrwalenia dowodu w sprawie będącej przedmiotem kontroli,

• przedstawić, na żądanie kontrolujących, tłumaczenie na język polski dokumentacji sporządzonej w języku obcym,

• udzielać w wyznaczonym terminie wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli,

• zapewnić kontrolującemu warunki do pracy, a w miarę możliwości udostępnić samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów.

Kontrola podatkowa - prawa przedsiębiorcy

Podczas kontroli skarbowej przedsiębiorca ma prawo do:

- uczestniczenia w czynnościach kontrolnych,

- udziału w przeprowadzaniu dowodów (o terminie i miejscu przeprowadzenia dowodu z zeznań świadków i opinii biegłych lub oględzin musi być poinformowany przynajmniej na 3 dni przed, a o dowodzie z oględzin bezpośrednio przed jego podjęciem),

- ustanowienia pełnomocnika lub wyznaczenia reprezentanta,

- wymagania od kontrolujących przestrzegania przepisów BHP obowiązujących w kontrolowanej firmie,

- składania zastrzeżeń i wyjaśnień do protokołu kontroli skarbowej,

- domagania się odszkodowania w trybie cywilnym za szkody powstałe wskutek czynności kontrolnych przeprowadzonych z naruszeniem przepisów prawa,

- wniesienia sprzeciwu wobec czynności kontrolnych prowadzonych z naruszeniem przepisów ustawy prawo przedsiębiorców.

Kontrola podatkowa nie może obejmować zakresu, który już był sprawdzany i zakończony ostateczną decyzją. Przedsiębiorca powinien pilnować, aby kontrolujący nie przekraczali swojego upoważnienia - nie mogą badać innego podatku ani okresu rozliczeniowego niż ten określony w zawiadomieniu.

Ile czasu trwa kontrola podatkowa?

Łączny czas trwania wszystkich kontroli podatkowych przeprowadzanych przez urząd skarbowy w ciągu jednego roku kalendarzowego zależy od wielkości firmy i nie może przekroczyć określonej liczby dni roboczych. Dla mikroprzedsiębiorców limit wynosi 12 dni roboczych, dla małych przedsiębiorców 18 dni, dla średnich przedsiębiorców 24 dni, a dla pozostałych firm 48 dni. Istnieje możliwość przedłużenia czasu trwania kontroli podatkowej.

Ustawowe limity czasu trwania kontroli nie mają zastosowania w określonych prawnie przypadkach – np. gdy kontrola jest niezbędna dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego, lub gdy dotyczy ona zasadności zwrotu podatku od towarów i usług przed jego dokonaniem. W takich sytuacjach czas kontroli determinuje Ordynacja podatkowa (która nakazuje jej zakończenie bez zbędnej zwłoki, nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu).

Jak wygląda kontrola skarbowa?

Kontrola skarbowa (podatkowa) rozpoczyna się zazwyczaj od doręczenia zawiadomienia o zamiarze jej wszczęcia, a następnie wręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli i okazania legitymacji służbowej przez kontrolujących. W dokumencie wskazany jest zakres kontroli oraz okres, którego dotyczy.

Czynności kontrolne odbywają się najczęściej w siedzibie firmy lub w miejscu przechowywania dokumentacji. Urzędnicy analizują księgi podatkowe, deklaracje, faktury oraz inne dokumenty związane z przedmiotem kontroli. Mogą także zadawać pytania i żądać wyjaśnień od przedsiębiorcy lub osób odpowiedzialnych za rozliczenia.

Po zakończeniu czynności sporządzany jest protokół, do którego kontrolowany ma prawo wnieść zastrzeżenia w ustawowym terminie. Jeśli w toku kontroli zostaną stwierdzone nieprawidłowości, urząd może wszcząć postępowanie podatkowe w celu określenia wysokości zobowiązania.

Pracownicy powinni być świadomi, że czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego lub jego reprezentanta, chyba że podatnik zrezygnuje z prawa udziału. Upoważnienie do kontroli musi zawierać m.in. określenie zakresu kontroli oraz pouczenie o prawach i obowiązkach osoby kontrolowanej. Kontrola może zakończyć się protokołem, a następnie – jeśli wykryto nieprawidłowości – możliwe jest pokontrolne postępowanie podatkowe w celu wyjaśnienia wszelkich niezgodności.

Jak kończy się kontrola podatkowa?

Kontrola podatkowa kończy się sporządzeniem protokołu, do którego kontrolowany ma prawo złożyć zastrzeżenia lub wyjaśnienia w ciągu 14 dni od jego otrzymania. Kontrolujący mają następnie 14 dni na odniesienie się do złożonych zastrzeżeń, informując kontrolowanego o sposobie ich rozpatrzenia.

Podsumowanie

Kontrola podatkowa to formalna procedura prowadzona przez organy Krajowej Administracji Skarbowej, której celem jest ustalenie stanu faktycznego oraz sprawdzenie, czy podatnik prawidłowo wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów. Może obejmować zarówno kontrolę podatkową osoby fizycznej, jak i sprawdzenie rozliczeń związanych z opodatkowaniem działalności gospodarczej, ulg podatkowych czy terminowości składania deklaracji. W przypadku kontroli podatkowej standardowo następuje doręczenie kontrolowanemu upoważnienia oraz wskazanie zakresu kontroli, a czynności kontrolnych dokonuje organ przeprowadzający kontrolę w siedzibie kontrolowanego lub w innym miejscu przechowywania dokumentacji. Kontrola urzędu skarbowego może zostać przeprowadzona również bez zapowiedzi, m.in. gdy dotyczy zasadności zwrotu podatku, podejrzeń o nieujawnione źródła przychodu lub spraw związanych z finansowaniem terroryzmu.

Po zakończeniu czynności sporządzany jest protokół, a kontrolowany ma prawo do złożenia wyjaśnień i zastrzeżeń. Jeżeli kontrola wykaże nieprawidłowości, urząd może wszcząć postępowanie podatkowe, a w skrajnych przypadkach sprawa może dotyczyć wykroczenia skarbowego, zwłaszcza gdy upłynął termin płatności podatku lub doszło do rażących zaniedbań w rozliczeniach.

Od autora: „Kontrola skarbowa nie musi oznaczać problemów – w wielu przypadkach jest po prostu weryfikacją dokumentów. Kluczem jest przygotowanie, porządek w dokumentacji i świadomość swoich praw podczas całej procedury”.

• Mirosław Ziętek

O Autorze:

Mirosław Ziętek – redaktor merytoryczny, ekspert z zakresu prawa podatkowego, specjalizujący się w podatkach dochodowych od osób fizycznych (PIT). Posiada ponad 8-letnie doświadczenie w redagowaniu, analizowaniu i opracowywaniu artykułów o tematyce podatkowej. Od października 2023 roku pełni rolę redaktora merytorycznego w serwisie Podatnik.info, gdzie zajmuje się opracowywaniem i weryfikacją materiałów dotyczących prawa podatkowego, zapewniając ich wysoką jakość merytoryczną oraz przejrzystość przekazu. Wcześniej, przez ponad 7 lat, współpracował z redakcją MoneyWeek, gdzie publikował liczne analizy, poradniki oraz artykuły eksperckie z zakresu podatków osobistych oraz finansów osobistych. Absolwent Politechniki Białostockiej, gdzie w 2015 roku uzyskał tytuł magistra zarządzania finansami i rachunkowości. Ukończył także specjalistyczny kurs doradztwa podatkowego w zakresie podatków dochodowych organizowany przez Stowarzyszenie Księgowych w Polsce, uzyskując dyplom „Eksperta ds. podatków dochodowych od osób fizycznych”. Ceniony za wyjątkową dokładność, precyzję oraz umiejętność przystępnego tłumaczenia skomplikowanych zagadnień podatkowych. Jako redaktor wyróżnia się zdolnością do szybkiej identyfikacji kluczowych problemów oraz dostarczania wartościowych wskazówek praktycznych dla czytelników. Regularnie uczestniczy w konferencjach i szkoleniach branżowych, stale poszerzając swoją wiedzę w zakresie podatków i prawa gospodarczego. Dzięki bogatemu doświadczeniu zawodowemu oraz solidnemu przygotowaniu merytorycznemu, jest uznawany za jednego z najbardziej kompetentnych redaktorów specjalizujących się w obszarze podatków osobistych w Polsce. Zapraszam do kontaktu: mail: m.zietek@podatnik.info linkedin: https://www.linkedin.com/in/miros%C5%82aw-zi%C4%99tek-311161175

Ocena artykułu:

(4.7/5), głosów: 830